В период с 2006 по 2011 год под руководством Б.К. Султанова КИСИ добился внушительных результатов по многим направлениям деятельности института.

В рамках развития внешнего сотрудничества КИСИ, были проведены встречи с экспертными сообществами западных, азиатских стран и стран СНГ.

Вместе с тем, институт принимает всё большее участие в освещении деятельности Первого Президента РК Лидера Нации Нурсултана Абишевича Назарбаева. Так, в  КИСИ в 2006 году прошёл круглый стол «Стратегии вхождения Казахстана в число 50-ти конкурентоспособных стран мира: пути реализации», посвящённый одноименному Посланию Президента и ставший  важным стратегическим ориентиром для страны.

В 2006 году КИСИ стал одним из разработчиков Проекта Стратегии национальной безопасности РК на 2006-2010 гг. Сегодня КИСИ также продолжает данную работу в этом направлении. Рекомендации экспертов КИСИ используются в разработке документов по национальной и военной безопасности.

Исследования региональной безопасности получили своё дальнейшее развитие в результате проведения Ежегодного Алматинского Форума, посвящённой изучению вопросов и проблем Центральной Азии, где роль Казахстана повышалась из года в год в данный период. Форум стал платформой для обмена мнениями между ведущими отечественными экспертами и экспертами стран СНГ, Европы и Китая касательно актуальных вопросов региональной безопасности данного периода.

В этот период КИСИ внёс активный вклад во внутриполитические исследования, делая упор на развитие парламентаризма, связанного с результатами конституционной реформы 2007 года. КИСИ активно участвовал в освещении Парламентских выборов 2007 года, инициировав создание на базе КИСИ «дискуссионной площадки» для диалога между политическими партиями, экспертным сообществом и журналистами.

Одним из знаковых событий 2008 года стало 15-летие основания КИСИ. За эффективную организацию аналитической деятельности КИСИ и вклад в развитие международных связей в 2008 году директор КИСИ Б.К. Султанов был удостоен почётного звания «Қазақстанның еңбек сіңірген қайраткері». Указом Президента юбилейными медалями «10 лет Астане» награждены ключевые эксперты КИСИ М.Т. Лаумулин, А.А. Морозов, З.Т. Жамыханова.

В 2010 году КИСИ было продолжена работа по укреплению отношений с международными организациями и экспертами. Были организованы встречи с представителями ООН и старшим директором группы Томасом Грэхомом Kissinger Associates (США) – ведущей консалтинговой компанией по геополитике.В предверии председательства Казахстана в ОБСЕ в 2009 году КИСИ становится одним из организаторов мероприятий,  посвященных вопросам международной безопасности, а также обмену опытом между  казахстанскими и зарубежными экспертами.

В апреле 2010 КИСИ совместно с Советом Безопасности РК и Секретариатом ОДКБ  проводят круглый стол на тему «Вызовы и угрозы безопасности в Центральной Азии», с участием Секретаря Совета Безопасности РК М.М. Тажина и Первого заместителя Совета Безопасности РК М.Е. Шайхутдинова.

В 2010 году – Год председательства Казахстана в ОБСЕ, КИСИ стал организатором 4 круглых столов и 2 научных конференций, центральной темой которых были актуальные проблемы международной безопасности.

Центральным внутриполитическим событием 2011 года в Казахстане стали Президентские выборы, в преддверии которых КИСИ провёл научно-практическую конференцию  «Электоральная демократия: международный опыт и предстоящие президентские выборы в Казахстане».

В 2011 году КИСИ провёл круглый стол, посвящённый 20-летию Независимости Республики Казахстан, с участием Сенатора – К.С. Султанова. Указом Президента РК сотрудники КИСИ были награждены юбилейными медалями.