В период с 2001 по 2006 г. директорами КИСИ при Президенте РК были М.С. Ашимбаев (был назначен директором КИСИ 18 мая 2000 г., ныне Первый заместитель Председателя партии «Нұр Отан»), Б.К. Султанов (был назначен директором КИСИ 7 июля 2005 г., ныне Директор Исследовательского института международного и регионального сотрудничества Казахстанско-Немецкого Университета).
В рамках своей деятельности в этот период КИСИ укрепляет сотрудничество с международными организациями. В 2001 г. были проведены ряд мероприятий и встреч с экспертами Китая, Польши, Норвегии, Индии, Японии, Франции, Англии с подписанием Соглашения о сотрудничестве.
В 2001 г. Институт выступил в качестве одного из главных организаторов по проведению презентации Национального отчета о человеческом развитии в Казахстане «Борьба с бедностью за лучшее будущее» по линии ПРООН за 2000 год.
Одним из продолжительных и плодотворных тандемов стало сотрудничество КИСИ с Организацией по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ).
В 2003 г. знаковым событием для КИСИ стало 10-летие его деятельности. В рамках юбилея была учреждена Ежегодная Алматинская конференция,которая впервые прошла 17-18 июня 2003 г. и была посвящена проблемам региональной безопасности, политического и экономического развития Центральноазиатского региона в контексте интересов Казахстана. Особым подарком стало поздравительное письмо Главы государства Н.А. Назарбаева в честь 10-летия КИСИ при Президенте РК.
Проведение ежегодной конференции КИСИ по вопросам безопасности и регионального сотрудничества стало ежегодным традиционным событием, направленным на создание диалоговой площадки по обсуждению и обмену мнениями по актуальным вопросам между экспертами стран Центральной Азии. Начиная с 2015 г. в связи с передислокацией КИСИ, конференции проводятся в Астане.
В юбилейный 2003 год вышел в свет первый номер ежеквартального журнала «Central Asia’s Affairs» на английском языке. В первый состав редакционного совета вошли А. Шоманов, Г. Курганбаева, М. Лаумулин, А. Нысанбаев, Б. Султанов, Т. Умбеталиева. Сегодня председателем Редакционного совета журнала, также как и на начальном этапе, является Маулен Ашимбаев.
С 2004 г. начал выпускаться казахоязычное издание КИСИ «Қоғам және Дәуір». В первый состав редакционного совета вошли М. Тажин, М. Ашимбаев, Г. Корганбаев, М. Лаумулин, А. Нысанбаев, А. Шоманов.
II Ежегодная конференция (июнь 2004 г.), была посвящена региональному сотрудничеству стран Центральной Азии, по итогам которой был опубликован сборник «Безопасность и региональное сотрудничество: Материалы II Ежегодной Алматинской конференции». В центре внимания III международной конференции «Китай, Россия, США: интересы, позиции, стратегии и взаимоотношения в Центральной Азии на современном этапе» (июль 2005 г.) были вопросы изменения внешней политики трех крупных стран и их последующее влияние на центральноазиатский регион.
7 июля 2005 г. Указом Президента Республики Казахстан №561 директором КИСИ назначен Булат Клычбаевич Султанов – известный эксперт, дипломат, Заслуженный деятель РК. Он руководил КИСИ при Президенте Республики Казахстан 9 лет – с мая 2005 и до октября 2014 года. Имея большой опыт работы в сфере международных отношений и практической дипломатической службы Б.К. Султанов инициировал ряд международных конференций и семинаров по проблемам обеспечения безопасности и стабильности в Центральной Азии и Казахстане. В период его руководства было налажено тесное сотрудничество с европейскими, в первую очередь, германскими партнёрами — Германское общество внешней политики, Фонд науки и политики, Фонд Эберта, Центр Дж. Маршалла, а также с российскими, азиатскими партнёрами в КНР и Индии.
Таким образом, в период с 2001 - 2006 гг. деятельность КИСИ отличалась наращиванием тесных контактов и налаживанием сотрудничества с международными организациями, ключевыми исследовательскими центрами и зарубежными экспертами.
