«КИСИ был создан на базе Центра стратегических исследований (ЦСИ), который функционировал в составе университета КИМЭП с января 1992 г. по июнь 1993. За полтора года своей деятельности ЦСИ зарекомендовал себя в качестве первого в республике научно-исследовательского подразделения, целенаправленно и комплексно занимающегося подготовкой
экспертных оценок, рекомендаций и предложений для руководства. Президент Казахстана принимает решение о преобразовании ЦСИ в самостоятельный институт, наделяя его особым статусом – при Президенте Республики Казахстан, на многие годы вперед определяющим развитие и деятельность КИСИ в качестве ведущего аналитического центра страны.
Первым директором КИСИ был назначен Умирсерик Тулешович Касенов, опытный международник. У.Т.Касенов приложил много усилий для установления и развития научных связей КИСИ с различными международными центрами и аналогичными институтами стратегических исследований.
В конце 1993 года в КИСИ выступил известный американский аналитик Збигнев Бжезинский, в 1996 году бывший Госсекретарь США Джеймс Бейкер. Обе встречи прошли с участием Президента Республики Казахстан Н.А.Назарбаева. В этот период доминантными направлениями 
исследования во внутренней политике были анализ социальных и экономических реформ в Казахстане; оценка объемов и эффективности иностранного капитала в экономике страны; разработка стратегии экономических реформ и оценка тенденций социально-экономических реформ.
исследования во внутренней политике были анализ социальных и экономических реформ в Казахстане; оценка объемов и эффективности иностранного капитала в экономике страны; разработка стратегии экономических реформ и оценка тенденций социально-экономических реформ.Во внешнеполитической повестке до 1995 г. преобладала тема, которая стала своеобразной «визитной карточкой» КИСИ – проблемы ядерного нераспространения и участие Казахстана в договоре СНВ-1.Основные приоритеты внешней политики Казахстана, заложенные в то время, активно продолжаются и сейчас. Казахстан стал первой из стран Центральной Азии, избранной в Совет Безопасности ООН. Центральным событием во время председательствования Казахстана в Совете Безопасности ООН в январе 2018 года стало выступление Президента Республики Казахстан Н.А. Назарбаева «Нераспространение
оружия массового уничтожения: меры доверия» на тематическиих дебатах, инициированых нашей страной.
оружия массового уничтожения: меры доверия» на тематическиих дебатах, инициированых нашей страной.В декабре 1996 г. под председательством Главы государства на площадке КИСИ состоялся круглый стол «Бизнес климат в Казахстане» с участием ведущих казахстанских и американских бизнесменов.
В процессе развития в период 1993-1997 гг. КИСИ постепенно набирал опыт, рос его авторитет, сложился костяк высокопрофессиональных экспертов, была сформирована основная структура, которая сохраняет свою актуальность и в настоящее время. В фокусе исследовательской работы КИСИ по-прежнему основными остаются такие направления как внутренняя политика; социально-экономическое развитие, внешняя политика, международные отношения и безопасность.
